Kościół powstał w 1609 r. po tym, gdy ewangelicy utracili świątynię w pobliskim Poniecu. Pierwszym duchownym był Valerius Cornelius, o którym niewiele wiadomo. Następni duchowni pochodzili z Kościoła czeskobraterskiego w Lesznie – Jakob Memoratus oraz Jakob Wolfagius. Reformowana parafia w Waszkowie była zresztą przez cały okres swojego istnienia związana z odległym o niecałe 20 km ośrodkiem ewangelicko-reformowanym w Lesznie.

Kościół został podpalony podczas wojen szwedzkich i odbudowany w 1635 r. i w takiej formie pozostaje do dzisiaj. W 1635 r. parafię odwiedził Jan Amos Komeński wygłaszając tu kazanie o opętaniach.

W 1678 r. w Waszkowie powstała parafia luterańska, która współużytkowała kościół. Ewangelicy reformowani byli temu niechętni i przystali na to jedynie z powodu żądania właściciela Krzysztofa Unruga. Konflikty pomiędzy tymi dwoma społecznościami ewangelickimi przejawiały się na wielu płaszczyznach. M.in. każda z parafii nazywała ten sam budynek w inny sposób – luteranie mówili o kościele św. Piotra, reformowani o kościele św. Jakuba. Konflikty narastały, gdy próbowano z obu parafii utworzyć jedną w ramach Kościoła Ewangelicko-Unijnego. Waszkowski duchowny reformowany nie pojawił się nawet na nabożeństwie, które prowadził biskup luterański z Poznania.

Trwający przez lata konflikt osiągnął swoje apogeum w 1846 r. , gdy podczas udzielania ślubu wybuchła awantura pomiędzy duchownymi luterańskim oraz reformowanym. Jedynym wyjściem z patowej sytuacji było zbudowanie nowego kościoła luterańskiego w Poniecu, który ostatecznie poświęcono w 1864 r. Szczegóły wydarzeń w Waszkowie stały się wątkami powieści późniejszego duchownego luterańskiego z Ponieca Bertholda Rasmusa.

Dzisiaj po ewangelikach reformowanych w Waszkowie pozostał jedynie budynek kościelny oraz budynek probostwa będący dzisiaj własnością prywatną. Kościół jest budowlą postawiona na planie prostokąta z dwuspadowym dachem z wieżą pokrytym dachówką, szczyty dachu są drewniane. Ściany zewnętrzne są bielone, na każdym z boków dłuższych ścian zewnętrznych znajduje się po jednej płycie nagrobnej. W wnętrzu znajduje się drewniana chrzcielnica oraz stare drewniane ławki. Zachowała się również posadzka pochodząca prawdopodobnie z XVIII w.

Kościół używany jest jako filiał rzymskokatolickiej parafii z Ponieca.