Neogotycki kościół św. Szczepana przy ul. Wały gen. Sikorskiego 14 powstał na terenie wcześniej nie zabudowanym. Przez stulecia obszar późniejszej działki nie był zagospodarowany ze względu na znajdujące się tu bagna między murami Starego i Nowego Miasta. Sytuacja zmieniła się w latach 70-tych XIX w., kiedy to parafia ewangelicko-reformowana po sprzedaży Domu Modlitwy na Starym mieście wystosowała pismo do cesarza z prośbą o zezwolenie na budowę kościoła na niezabudowanym terenie fortecznym. Prośba ta, jak również następne, zostały odrzucone ze względów bezpieczeństwa. W 1898 parafia kalwińska wraz z zaprzyjaźnioną parafią ewangelicką św. Jerzego wystosowała kolejną prośbę o udostępnienie miejsca pod budowę wspólnego kościoła, tym razem na Mokrem. Prośba ta również została przez władze odrzucona. Parafia św. Jerzego wkrótce otrzymała jednak zgodę na budowę własnego kościoła. W tej sytuacji rada parafialna parafii kalwińskiej postanowiła samodzielnie wyszukać miejsce pod budowę domu Bożego. Zdecydowano się na zakup terenu należącego do skarbu państwa, mieszczącego się przy centrum miasta na trasie w kierunku Chełmna, przy ulicy Wały. Do budowy obiektu zatrudniono mało znanego architekta z Berlina, Heinricha Gansa. Miał wybudować kompleks w stylu „gotyckim” mieszczący kościół i dom parafialny. Pierwsze plany i kosztorys były gotowe pod koniec 1901 r. Ze względu na wysokie koszty dokumentacja została odrzucona przez Konsystorz. Zrezygnowano więc z budowy domu parafialnego. Nowy projekt został przedstawiony Konsystorzowi w październiku 1902. Władze po raz kolejny miały zastrzeżenia co do realizacji. Na budowę kościoła zdecydowano się po wcieleniu poprawek. Rozpoczęto od wieży. Do pierwotnego projektu dodano przęsło nawy, mieszczące przedsionek, zmieniono projekt sklepień oraz układ organów w stosunku do nawy.
18 czerwca 1903 odbyło się uroczyste nabożeństwo z udziałem przedstawicieli władz kościelnych, miejskich, powiatowych oraz garnizonu toruńskiego, w trakcie którego położono kamień węgielny pod budowę. Prace budowlane trwały z przerwami do 18 lutego 1904 roku. W ich efekcie powstał dwunawowy, pseudohalowy budynek o długości 25m, szerokości 11,5 m i wysokości wieży ok. 49,5 m.
Ze względu na usytuowanie względem ulicy budynek został wzniesiony nietypowo – na osi wschód-zachód (z prezbiterium od strony zachodniej). W fasadzie wyróżnia się portal wejściowy, prowadzący do nawy głównej, oraz wysoka, reprezentacyjna wieża o podstawie kwadratu, w wyższych kondygnacjach przechodząca w wielobok. Budynek został wybudowany w asymetrycznym układzie pseudohalowym: z szerszą i wyższą o metr czteroprzęsłową nawą główną i węższą, trójprzęsłową nawą boczną od północy. Przęsło wschodnie nawy głównej zajmuje kruchta oraz powyżej empora organowa. Kwadratowe, węższe prezbiterium zlokalizowano na osi nawy głównej. Prezbiterium flankowane jest w północno-wschodnim narożniku zryzalitowaną wieżyczką schodową, zapewniającą komunikację ze strychem i w narożniku południowo-zachodnim pomieszczeniami zakrystii i korytarzyka.
Materiały budowlane, detale architektoniczne, wystrój wnętrza, jak również witraże ufundowali parafianie oraz zaprzyjaźnione parafie. Trzy spiżowe dzwony podarował Julius Holder-Egger. Właściciel fabryki maszyn August Born ufundował ambonę, a chrzcielnicę i dzban chrzcielny – Paul Tarrey. Friedrich Raapke podarował parafii żyrandol oraz krzyż na szczycie wieży. Jednolite stylistycznie ambona, chrzcielnica i ławki wykonał Paul Borkowski.
Ozdobnym elementem wyposażenia kościoła były witraże wykonane we Wrocławskim Instytucie Witrażownictwa Adolpha Seilera w 1903 roku, fundowane przez członków parafii reformowanej oraz władze miejskie i powiatowe. Fundatorzy opisani zostali w dolnej części okien zaczynając od kruchty: bez fundatora z podpisem A. Seiler, Heinrich Lüttmann, Karl Born, Franz Tarrey (nie zachowany), Karoline Holder-Egger, miasto Toruń (rozeta z herbem Torunia) i powiat toruński.
Część elementów wyposażenia przeniesiono tu z dawnego Domu Modlitwy, m.in. żyrandol w kruchcie wejściowej. W kościele na emporze chórowej zamontowano 13-głosowe pneumatyczne organy wykonane przez elbląską firmę August Terletzki/ Eduard Wittek.
Ze względu na duże zawilgocenie terenu (pod budynkiem przepływa tzw. Bacha toruńska) kościół otrzymał bardzo głębokie fundamenty (pod wieżą 6m, pozostałe ok.4,5m). Cały obiekt został wyłożony drewnianym parkietem na murowanych słupkach ceglanych.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości parafia ewangelicko-reformowana znacząco zmniejszyła. Nabożeństwa odbywały się okazjonalnie. W tym czasie ze świątyni korzystało ewangelicko-reformowane oraz prawosławne duszpasterstwo wojskowe. Wówczas też zamiar wynajęcia lub kupna kościoła przedstawiła polska parafia ewangelicko-augsburska, odrodzona w 1921r.
Budynek kościelny pozostał w posiadaniu parafii kalwińskiej do końca II wojny światowej. Zdewastowany kościół miasto przekazało parafii ewangelicko-augsburskiej. Obiekt wymagał remontu i uzupełnienia wystroju wnętrza. Brakujące dzwony zostały przeniesione ze zburzonego kościoła ewangelickiego na Podgórzu.
Do świątyni sprowadzono ołtarz oraz obraz Adoracja Baranka Apokaliptycznego z dawnego kościoła ewangelickiego p.w. Św. Trójcy na Rynku Nowomiejskim. Obraz na desce (na podstawie Obj. 4,5,14) z początku XVII w. nowi właściciele zawiesili na ścianie prowadzącej na wieżę. W chwili obecnej (po przeprowadzeniu prac konserwatorskich w 2012) obraz znajduje się nad wejściem do zakrystii.
26 sierpnia 1945 r. po zakończonym remoncie poświęcono kościół oraz nadano mu wezwanie św. Szczepana.
W 1947 ks. senior Ryszard Trenkler ofiarował parafii żyrandol, krucyfiks oraz 6 lichtarzy z kościoła w Michałkach. Ze względu na nieodpowiadający stylowi kościoła ołtarz za zgodą Konsystorza w 1952 sprowadzono odpowiedni z Nowej Wsi (dawny ołtarz przewieziony został do Starej Iwicznej). Dotychczasowy obraz ołtarzowy Chrystusa zmartwychwstałego z końca XIX w. przekazano wtedy parafii warszawskiej.
W kościele znajduje się kilka tablic pamiątkowych: w 1946 r. odsłonięto tablicę ku czci duchownych związanych z tutejszą parafią, zamordowanych przez hitlerowców w czasie II wojny światowej, oraz tablicę upamiętniającą kuratora parafialnego, inż. Z. Wojciechowskiego, w 2002 r. zaś tablicę ku czci wieloletniego proboszcza, ks. seniora Ryszarda Trenklera, a w kwietniu 2014 r tablicę upamiętniającą proboszczów działających w parafii od 1921 r.
Od pozyskania kościoła w 1945 r rokrocznie dokonywano w nim szeregu drobnych, jak i większych napraw i remontów. W ostatnich latach w ramach RPO parafia zrealizowała kompleksowy remont wnętrza kościoła (wieża, sklepienia, ściany, podłogi, wyposażenie).
W 2013 r, w czasie prac remontowych na wieży kościelnej, na kondygnacji pod schodami dokonano znaczącego odkrycia. Pod podłogą znaleziono ukrytą po II wojnie światowej snycerską dębową tablicę poległych parafian z 1918 roku. Polegli zginęli na frontach całej Europy. Byli to członkowie znanych toruńskich rodzin kalwińskich.
Neogotycki Kościół Ewangelicko-Augsburski w Toruniu jest obiektem zabytkowym, wpisanym do Rejestru Zabytków pod nr A/1275, z datą 29.03.2007. Wyposażenie kościoła zostało wpisane do rejestru pod nr B/235/1-8 z dnia 30.12.2008.