Właściciele Leszna przekazali w 1550 r. jedyny kościół istniejący w miejscowości braciom czeskim, ponieważ sami przeszli na to wyznanie. Kiedy kościół został zwrócony katolikom w 1650 r. zrodziła się potrzeba wybudowania kościoła dla leszczyńskich braci czeskich.

Kościół powstał przy ob. ul. Chrobrego, dawniej była to ulica graniczna miasta Leszna. Pierwszy budynek powstał w 1654 r., ale zaledwie po dwóch latach spłonął. Kolejny kościół powstał w 1658 r., ale spłonął w 1707 r. Kolejny, który zachował się do dzisiaj powstał w 1732 r. w  stylu gotyckim. Budynek przypomina warowny zamek, prawdopodobnie był to celowy zabieg mający na celu odróżnienie kościoła od barokowego kościoła rzymskokatolickiego w Lesznie. Kościół św. Jana posiadał zawsze najwyższą wieżę w mieście, na szczycie której znajduje się gwiazda herrnhucka.

Kościół św. Jana był najważniejszym kościołem braci czeskich w Rzeczpospolitej, tutaj znajdowała się siedziba seniora. Początkowo znajdowały się tutaj trzy oddzielne wspólnoty czeskobraterskie w zależności od języka używanego w nabożeństwie: czeska, polska i niemiecka. Najdłużej, bo do 1945 r. przetrwała niemiecka, choć jeszcze na początku XX w. raz do roku prowadzono nabożeństwo po polsku dla okolicznej szlachty.

Z parafii przy kościele św. Jana wywodził się Daniel Ernest Jabłoński, wnuk Jana Amosa Komeńskiego, który przekazał ciągłość apostolską wspólnocie ewangelickiej utowrzonej w Herrnhut w Saksonii. Sam ordynował N.L. von Zinznedorfa.

Działalność tej parafii była na tyle ożywiona, że powstało obszerne archiwum, które w 2015 r. zostało wpisane na listę Pamięć Świata prowadzoną przez UNESCO. W chwili wpisu był to jedyny obiekt z Wielkopolski uhonorowany przez UNESCO.