Kiedy powstał kościół w Lesznie nie jest wiadome. Prawdopodobnie kościół drewniany istniał we wsi Leszno już w średniowieczu. Jako że Leszno, w tym kościół były własnością prywatną i należały do rodziny Leszczyńskich po przejściu tego rodu na wyznanie czeskobraterskie, kościół został przekazany braciom czeskim w 1550 r., którzy masowo przybywali do Leszna, dzięki czemu osada stała się w ówczesnej Rzeczpospolitej dużym miastem.

Najważniejszą postacią dla historii miasta, która była związana z tym kościołem był Jan Amos Komeński (Comenius), biskup kościoła czeskobraterskiego, pedagog, teolog.

Budynek kościoła został rekatolicyzowany w 1650 r. a bracia czescy zbudowali nowy kościół na ob. ul. Chrobrego w Lesznie, wówczas na ulicy granicznej miasta.

W kościele znajdują się wyjątkowej klasy barokowe nagrobki dziadka i ojca królowej Francji Marii Leszczyńskiej, żony Ludwika XIV.