We wrześniu 1804 r. hrabia Feliks Łubieński wystąpił do władz pruskich z inicjatywą utworzenia parafii ewangelicko-augsburskiej w Wiskitkach. Zobowiązał się uposażyć ją w grunta należące niegdyś do wójtostwa wiskickiego, położone na południowych peryferiach miasta : 1 1/2 włóki z zabudowaniami gospodarczymi na potrzeby pastora oraz morgę ogrodu dla zakrystianina. Obiecał ponadto dostarczyć 60 tysięcy sztuk cegieł, drewno i 500 talarów na budowę kościoła. Urzędowa decyzja o utworzeniu parafii zapadła w Lipcu 1805 r. Jej administratorem został ksiądz Ernst Friedrich Eisenhauer, wybrany następnie — 6 kwietnia 1806 — na proboszcza.
Jak się wkrótce okazało, Łubieński nie zamierzał wywiązać się ze wszystkich obietnic. Poprzestał jedynie na przekazaniu parafii gruntów i zabudowań „wójtostwa”. Nabożeństwa odprawiano więc w jednym z budynków gospodarczych, przysposobionym na ten cel. Nieprawdziwa jest wiadomość, jakoby Łubieński „ratusz w Wiskitkach na kościół ewangelicko-protestancki przerobił, a nawet i obrazami Świętych Pańskich ozdobił, dla wpojenia w lud tej opinii, iż to wszystko jedno modlić się, czy w protestanckim, czy katolickim kościele” (В. Jagiełło , Miasto fabryczne Wiskitki 1796—1869).
Około 1820 r. do parafii w Wiskitkach należało 31 osiedli ewangelickich, z czego cztery miejskie. Miasta Błonie i Mszczonów wyznaczały wschodnią i południową granicę parafii, na zachodzie obejmowała ona Nieborów koło Łowicza, na północy sięgała po Sochaczew i wieś Gawłów. Ale w październiku 1823 r. Komisja Rządowa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego powiększyła wiskicką parafię, włączając do niej Łowicz i okoliczne osiedla ewangelickie, aż po Sobotę i Walewice na zachodzie.
Dopiero powstanie listopadowe w istotny sposób odmieniło sytuację. Osiedle sukiennicze w Wiskitkach upadło, tamtejsza parafia nadal nie posiadała kościoła, a parafianie z trudem ponosili koszty jej utrzymania. 15 kwietnia 1836 Generalny Konsystorz Wyznań Ewangelickich skierował do Komisji Rządowej Spraw Wewnętrznych, Duchownych i Oświecenia Publicznego pismo z wnioskiem 0 utworzenie parafii w Łowiczu i podporządkowanie mu filiału w Wiskitkach.
Jeszcze w 1852 r. członkowie filiału w Wiskitkach zamówili projekty i kosztorysy murowanego, neogotyckiego kościoła, domu pastorskiego z zabudowaniami gospodarczymi i szkoły. Tak szeroko zakrojone plany budowlane wskazują, że myślano o przywróceniu Wiskitkom rangi parafii. Istotnie nastąpiło to w 1855 r. W 1854 r. rozpoczęto budowę kościoła, która z braku pieniędzy ciągnęła się do 1862 r, obciążając parafię długiem 4400 rubli, zaciągniętym z funduszów ogólnych Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, zdeponowanych w Banku Polskim. W tej sytuacji dom dla proboszcza wzniesiono znacznie skromniejszy od planowanego. Od roku 1855 Konsystorz Ewangelicko-Augsburski przywrócił wiskickiej filii rangę parafii, wyznaczając na administratora ks. Rudolfa Zirkwitza.
Oddanie do użytku w 1898 roku kościoła przeznaczonego dla ewangelików w Żyrardowie spowodowało przeniesienie parafii ewangelicko-augsburskiej z Wiskitek do Żyrardowa. Natomiast w Wiskitkach kościół i zabudowania zaczęły popadać w zaniedbanie. Przy okazji wyboru do kolegiów parafialnych diecezji warszawskiej w 1904 roku, sprawozdawcy dla „Zwiastuna Ewangelicznego” zanotowali, że w Wiskitkach „piękny kościół i murowana plebania stoją pustkami, parafia wiskicka wyludniła się, a dla pozostałych nie będzie rzeczą łatwą utrzymać te zabudowania w należytym porządku”. Coraz rzadziej odprawiano nabożeństwa, początkowo raz w miesiącu pastor z Żyrardowa odprawiał nabożeństwo w kościele wiskickim, z czasem jednak zamknięto kościół. Zakłady żyrardowskie utrzymywały swoim kosztem przytułek dla sierot i starców wyznania ewangelickiego tzw. Dom Miłosierdzia, wybudowany w Wiskitkach jeszcze w 1898 roku. Po opuszczeniu żyrardowskiej parafii w 1901 roku przez ks. Rudolfa Gundlacha jego miejsce zajmuje ks. Hugo Wosch. Nowy pastor kończył prace związane z budową sali konfirmacyjnej, mieszkaniem dla kantora (organisty) i zakrystianina. Wiskitki stały się ponownie filiałem, tym razem parafii żyrardowskiej.
Po I wojnie światowej wznowiono stałe odprawianie nabożeństw w wiskickim kościele luterańskim. Podczas II wojny światowej (od 1941 r.) kościół znowu opustoszał na skutek nakazu odprawiania nabożeństw tylko w języku niemieckim, którego większość parafian nie znała. Pod koniec wojny budynek kościoła został w znacznym stopniu uszkodzony przez ostrzał artyleryjski.
Po wojnie, ówczesny proboszcz żyrardowski ks. Karol Messerschmidt nie chciał zbyt pochopnie podejmować decyzji, co do dalszych losów tego kościoła. Jednak po ocenie stanu budynku stwierdzono, że konstrukcja jest niestabilna i kościół należy rozebrać. Decyzją ks. Gloeha przy aprobacie Zgromadzenia Parafialnego w Żyrardowie z dnia 1 sierpnia 1948 roku wyrażono zgodę na rozbiórkę kościoła w Wiskitkach.
Sprawę jednak odroczono do jesieni 1949 roku ponieważ znalazł się dzierżawca, który chciał wynająć pomieszczenie kościoła na skład surowca. Również w okresie od sierpnia 1949 do kwietnia 1951 roku prowadzono rozmowy z inspektorem szkolnym o możliwości przekazania lub ewentualnie odsprzedania porozbiórkowej cegły na budynek szkoły. Nie doszło jednak do porozumienia w tej kwestii. Przyczyną opóźniania rozbiórki był również brak zgody władz miejskich i wojewódzkich. Ostatecznie Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej; referat budowlany postanowieniem z dnia 27 lipca 1951 roku wyraził zgodę pod warunkiem, że parafia przeznaczy część materiału budowlanego oraz osiągnięte ze sprzedaży cegły pieniądze na odnowienie kościoła w Żyrardowie.
Na posiedzeniu Zgromadzenia Parafialnego w Żyrardowie z dnia 21 grudnia 1951 roku zamknięto rozbiórkę kościoła. Decyzja o rozbiórce kościoła była konieczna, bo liczba wiernych tej parafii nie byłaby w stanie utrzymać dwóch kościołów, a w Wiskitkach i okolicy mieszkało po wojnie zaledwie kilka osób.