Kamień węgielny pod obecną świątynię położono 24 marca 1343 r. Świątynia była budowana etapami przez 159 lat. Kilkanaście lat po ukończeniu prac budowlanych, reformacja dociera do Gdańska. W 1529 r. dominikanin Pankracy Klemme wprowadził do świątyni nabożeństwa luterańskie, odprawiane przy ołtarzu bocznym św. Mikołaja. Katolicy odprawiali nabożeństwa przy ołtarzu głównym. Kościół używany był symultanicznie do roku 1572 r., kiedy to świątynia zaczęła służyć wyłącznie ewangelikom. Była to główna świątynia ewangelicka Gdańska. W latach 1583-86 zamontowano wielkie organy Antoniusa Friese. Instrument posiadał 55 głosów i 3 manuały. Organy przetrwały ponad 170 lat. Po nich w 1769 r. postawiono organy gdańskiego organomistrza Fryderyka Rudolfa Dalitza (52 głosy). Kościół Mariacki w tym czasie odgrywał dużą rolę w życiu kulturalnym miasta.

W latach 1762-1764 zbudowano nową ambonę. Wykonana została przez stolarza Gottliba Lemma i gdańskiego rzeźbiarza Jana Henryka Meibnera. Z okazji 400. rocznicy urodzin reformatora ks. dr Marcina Lutra w kościele odsłonięto jego pomnik, który znajdował się w pobliżu kaplicy św. Marcina. Autorem posągu był rzeźbiarz Rudolf Siemering. Pomnik po wojnie został usunięty z kościoła. W 1891 r. wybudowano nowe organy przez firmęTerleckiego z Elbląga. Posiadały one 56 głosów. Już w latach 1935-1938 zastąpiono je nowym instrumentem wyprodukowanym przez firmę Kemper z Lubeki. Posiadały one 120 głosów. Niestety całkowicie spłonęły pod koniec II wojny światowej.

Pod koniec 1944 r. dzięki zarządowi kościoła i konserwatorom Wolnego Miasta Gdańska zaczęto demontować jego wyposażenie i po odpowiednim zabezpieczeniu umieszczać w wiejskich kościółkach, dworach, stodołach. Dzięki temu zabiegowi uratowali oni dorobek poprzednich pokoleń.  Niestety podczas walk o Gdańsk w marcu 1945, w wyniku ostrzału artyleryjskiego, spłonęły dachy, runęło 40% sklepień, stopiły się niektóre dzwony. Wypaliło się wnętrze świątyni, ale 80% wyposażenia przetrwało dzięki jego zdemontowaniu. Zniszczony kościół odebrany ewangelikom przeszedł w ręce kościoła Rzymskokatolickiego na mocy decyzji Rady Narodowej z 29 stycznia 1946. W 1946 roku rozpoczęto odgruzowywanie wnętrza i podjęto odbudowę. 17 listopada 1955 nastąpiło poświęcenie świątyni, jednakże prace przy rekonstrukcji nadal trwały. W latach 1982-1983 wnętrze świątyni pokryto warstwą bieli wapiennej.