Diakonat Żeński Eben-Ezer został powołany w 1923 r. z inicjatywy ks. Karola Kulisza w Dzięgielowie. Pierwszą przełożoną została siostra Anna Klimsza. Podczas drugiej wojny światowej nastąpiła likwidacja diakonatu, a część sióstr wywieziono do obozów koncentracyjnych, reszta powróciła do swoich rodzinnych domów. 15 czerwca 1945 r. diakonat reaktywowano, a przełożoną została siostra Danuta Gerke. W 1956 r. doszło do scalenia wszystkich szczątkowych jednostek diakonijnych w jeden Diakonat Eben-Ezer.
W 1961 r. utworzono placówki diakonijne: „Tabita” w Chylicach, „Ostoja Pokoju” w Miechowicach, „Sarepta” w Węgrowie i Dom Starców w Sorkwitach.
Przełożone diakonatu:
Anna Klimsza (1923-1939)
Danuta Gerke (1945-1981)
Lidia Gotschalk (1981-2009)
Ewa Cieślar (od 2009)