Dzieje ewangelicyzmu w Koninie sięgają aż XVI wieku. W 1539 roku ks. Stanisław Lutomirski zaczął głosić kazania w duchu reformacyjnym w konińskim kościele św. Bartłomieja, jednak jego działania nie miały wielkiego zasięgu.

W XVIII i XIX wieku do Konina napływała ludność – głównie rolnicy i rzemieślnicy – z różnych stron Europy Zachodniej. Spora część emigrantów była wyznania ewangelicko-augsburskiego. W 1821 roku zakupiono drewniany kościółek, który znajdował się przed obecnym terenem parafii, a pięć lat później oficjalnie erygowano Parafię w Koninie.

W 1840 roku poświęcono plebanię, w 1846 roku założono cmentarz, a w 1854 poświęcono kamień węgielny pod budowę kościoła. Uroczyste poświęcenie kościoła odbyło się w 1856 roku, a w 1859 poświęcenie organ. W 1872 ukończono budowę wieży i umieszczono trzy dzwony.

W latach 1901-1905 dokonano przebudowy kościoła. W 1926 r. kościół przeszedł gruntowny remont.

20 listopada 1949 roku ks. Ryszard Trenkler odprawił pierwsze nabożeństwo po II wojnie światowej.