W XVI wieku silny ruch reformacyjny dotarł w okolice Sompolna, w którego wyniku powstały parafie w Izbicy, Płowcach, Świerczynku, Radziejowie, gdzie znajdowało się centrum ruchu reformacyjnego na Kujawach. Parafie te upadły wskutek naporu kontrreformacji. Najdłużej wytrwała parafia w Świerczynku, bo do 1657 r., kiedy to został zamordowany tamtejszy pastor, ks. Samuel Kardus.

W XVIII wieku w okresie osadnictwa olęderskiego i pruskiego, przybyli osadnicy zwłaszcza z Pomorza i Prus Zachodnich. W 1775 r. w Lubszynie powstał filiał parafii Władysławów (część późniejszej parafii Sompolno należało w tym czasie do parafii w Witkowie). Powstały m.in. kolonie Wierzelin (1777), Bycz, Synogać.

W Sompolnie w 1793 r. mieszkało 348 osób, w tym 310 katolików, 15 Żydów i 23 ewangelików. 1806 nastąpiło założenie cmentarza ewangelickiego w Sompolnie.
Liczba osadników stale się zwiększała i w 1836 r. było 2459 ewangelików. Nabożeństwa w Sompolnie pierwotnie odbywały się w mieszkaniach prywatnych u Karola Weschke i Ernesta Michela raz na dwa – trzy miesiące, a odprawiał je pastor przyjeżdżający najpierw z Władysławowa, a później z Babiaka. W większych osadach powoływano kantoraty, w których kantorzy (dzisiaj powiedzielibyśmy diakoni) byli animatorami życia religijnego i odprawiali nabożeństwa czytane czyli Słowa Bożego, zaś z sakramentem Komunii Świętej przyjeżdżali pastorzy. Budowa kościoła stawała się koniecznością i dlatego w 1829 r. został zakupiony plac pod jego budowę. Jednak, mimo zapału parafian, realizacja projektu okazała się bardzo trudna i czasochłonna.

Dopiero po dziesięciu latach od zakupu placu, 6 czerwca 1839 roku ks. superintendent (zwierzchnik Diecezji) Boerner dokonał aktu poświęcenia kamienia węgielnego pod budowę kościoła, która trwała 22 lata.

30 maja 1861 roku Generalny Superintendent (Biskup Kościoła) Ludwig dokonał, w asyście siedmiu duchownych, aktu poświęcenia Kościoła.

W 1855 r. powołano Szkołę Ewangelicką w Sompolnie przy której od 1924 r. działał internat z kuchnią. Dla uczczenia 400-lecia Reformacji, w 1917 r. powstało w Sompolnie Gimnazjum przemianowane w 1934 r. na Prywatną Niemiecką Szkołę Powszechną. 1928 – wybudowano Dom Parafialny z salą dla konfirmantów, chóru, budynek został sprzedany w 1959 r., uzyskane pieniądze przeznaczono na remont Kościoła i plebani.

1945 – władze państwowe kościół potraktowały jako mienie poniemieckie i urządziły w kościele magazyn zbożowy, wyposażenie kościoła, wraz ze sprzętem liturgicznym, skradziono.

16 marca 1952 roku pierwsze po II wojnie światowej nabożeństwo – dla niewielu już pozostałych parafian – odprawił ks. senior (zwierzchnik Diecezji) Ryszard Trenkler. Po nabożeństwie wybrano Radę Parafialną. 29 czerwca 1967 roku Konsystorz przemianował Parafię w Sompolnie na filiał parafii we Włocławku, a później w Koninie.