Czas powstania pierwszego kościoła św. Marcina jest bardzo trudny do ścisłego określenia. Po raz pierwszy jest on wzmiankowany w spisach świętopietrza z lat 1325 – 1327. Jan Długosz w Liber Beneficiorum podaje, że kościół był fundacją rycerską rodów Gryfitów i Ostojów. XIII-wieczne pochodzenie pierwotnego kościoła potwierdza fakt uwzględnienia go przy formowaniu tzw. II układu urbanistycznego na Okole co nastąpiło po 1312, a przed 1336 rokiem. Kolejną wskazówką w dziejach kościoła jest informacja, iż przed zajęciem go przez Zakon Karmelitanek Bosych, stanowił on przytułek dla księży emerytów fundacji kardynała Bernarda Maciejowskiego. Wyobrażenie wyglądu kościoła średniowiecznego daje pochodzący z 1618 r. krótki opis zamieszczony w Kronice krakowskiego konwentu Karmelitanek Bosych, które w tym czasie osadzone zostały przy tej świątyni:

„Wejście do kościoła tego zaraz było z ulicy, chór kościoła, kędy był wielki ołtarz, był zasklepiony, a od samego wejścia powała była i nazbyt stara, od wielkiego ołtarza była przegroda, albo przedział kratą żelazną od ściany do ściany, która była piękna i wzorzysta; za tą kratą na kościele były dwa ołtarze z jednej strony jeden, z drugiej drugi.”
Kiedy w 1612 r. Konstancja Bużeńska, zamożna wdowa po staroście dobczyckim i brzeźnickim, sprowadziła z Niderlandów do Krakowa karmelitanki bose, zamieszkały one obok kościoła św. Marcina. Po kilku latach kościół ten został im przekazany. W 1634 r. rozebrano romańską budowlę i w latach 1637-1640 na jej miejscu wzniesiono, istniejący do dzisiaj, wczesnobarokowy kościół. Powstał on według projektu Giovanniego Battisty Trevano, nadwornego architekta króla Zygmunta III Wazy. Jego konsekracji dokonał biskup krakowski Piotr Gembicki w 1644 r. W czasie potopu szwedzkiego kościół zamieniono na zbór protestancki. W 1686 r. wróciły do niego karmelitanki, wtedy też został ponownie konsekrowany. Stulecie później, na polecenie władz kościelnych, zlikwidowano klasztor na ul. Grodzkiej, a zakonnice przeniosły się do klasztoru na Wesołej (dziś ul. Kopernika). Kościół wystawiono na sprzedaż, jednak przez prawie trzydzieści lat pozostał zamknięty. Dzięki staraniom prof. Jerzego Samuela Bandtkiego, Senat Rzeczpospolitej Krakowskiej decyzją z 27 lipca 1816 roku przekazał kościół ewangelikom jako rekompensatę za krzywdy wyrządzone w przeszłości (trzykrotne zniszczenie kościoła ewangelickiego przy ul. św. Jana 6).

Barokowy kościół św. Marcina usytuowany jest w pierzei ulicy, dlatego widoczna jest tylko jego fasada, jej kompozycja nawiązuje do formy pobliskiego kościoła św. św. Piotra i Pawła. Fasada zachodnia jest dwukondygnacyjna, zwieńczona trójkątnym szczytem z krzyżem i wazonami na narożnikach. W dolnej kondygnacji, dzielonej pilastrami, mieszczą się trzy portale i półkoliste nisze w architektonicznej obudowie. W kondygnacji górnej, na osi, znajduje się okno w ozdobnym obramieniu, a boki zamykają wolutowe spływy. Kościół jest jednonawowy, nakryty sklepieniem kolebkowym z lunetami, ozdobionym sztukateriami w formie geometrycznych figur. Całe wnętrze utrzymane jest w kolorze białym, z ciemniejszym, jednolitym wyposażeniem. Ściany boczne są podzielone zdwojonymi pilastrami o ozdobnych kapitelach z wolutami i główkami aniołów. Pomiędzy pilastrami mieszczą się płytkie wnęki zamknięte półkoliście. Tuż pod sklepieniem obiega wnętrze bogato profilowany i mocno wysunięty gzyms, zdobiony ornamentami – kostkowym i astragalem.

Architektoniczny ołtarz o cechach klasycystycznych, pochodzący z 1870 r. jest malowany w odcieniach szarości, z marmoryzacją i złoconymi detalami. Znajduje się w nim obraz „Chrystus uśmierzający burzę”, autorstwa Henryka Siemiradzkiego (1882). Na bokach ołtarza i na zwieńczeniu ustawione są na postumentach złocone rzeźby Ewangelistów. Ponad ołtarzem, na tle witrażowego okna, umieszczony jest drewniany gotycki krucyfiks z ok. 1380 r (najstarszy w Małopolsce). Witraż przedstawia upadek w grzech (z lewej strony) i wylanie Ducha Świętego (z prawej) i wykonany został według projektu Adama Ciompy . Innym ważnym elementem wyposażenia kościoła jest ambona, która znajduje się przy filarze oddzielającym prezbiterium od nawy po stronie północnej.
We wnętrzu kościoła, przygotowanym do nabożeństwa, zwracają uwagę wyposażenia związane z nabożeństwem: na stole komunijnym znajduje się krucyfiks, przed nim położone jest Pismo Święte, a obok naczynia komunijne oraz świeczniki. Na tablicach zamieszczone się numery pieśni śpiewanych podczas nabożeństwa. Przed stołem komunijnym znajduje się chrzcielnica uwieńczona postacią Jezusa Chrystusa poddającego się chrztowi Jana Chrzciciela.

Pierwsze organy w kościele ewangelicko-augsburskim św. Marcina w Krakowie zostały z budowane w I połowie XIX w., prawdopodobnie w 1844 lub 1846 roku przez organomistrza Adolfa Lumerta z Wrocławia. Obecny instrument, to dzieło organomistrza Wacława Biernackiego z Warszawy, był on budowany w latach 1930-1933. Kontuar został umieszczony później tj. zaraz po II wojnie światowej – dokładnych danych brak. oraz rozbudowany przez organomistrza Lecha Skoczylasa w latach 1999-2000. Z dawnego instrumentu, zachowały się jedynie: wiatrownica oraz 13 głosów. Organy dysponują obecnie 23 głosami, rozdzielonymi pomiędzy 3 zespoły brzmieniowe. Traktura gry jest pneumatyczna. Wiatrownice stożkowe. Dyspozycja została zmieniona w stosunku do oryginału.
Obok wejścia, pod chórem z organami, znajdują się płyty poświęcone pamięci dwóch duszpasterzy ks. prof. dr. Wiktora Niemczyka późniejszego rektora Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie i ks. seniora Karola B. Kubisza odsłonięte w 1982 r. W głębi na lewej ścianie od wejścia znajduje się odnowiona płaskorzeźba Mikołaja Reja według projektu prof. Jana Raszki z 1921 r. oraz zrekonstruowana tablica pamięci etnografa Oskara Kolberga, ponownie odsłonięta w 2014 r. Tu znajdowały się również płyty zasłużonych członków Kościoła i społeczeństwa Krakowa, m. in. rektorów Uniwersytetu Jagiellońskiego Fryderyka Skobla i Ludwika Teichmanna.
Nad główną bramą do kościoła znajduje się napis w języku łacińskim: frustra vivit, qui nemini prodest (na próżno żyje, kto nikomu nie przynosi pożytku).

materiały:
R. Mikler, Kościół św. Marcina.
B. Sanocka, Kościół św. Marcina.
J. Żmudziński, Gotycki krucyfiks z kościoła św. Marcina w Krakowie.
oraz
Archiwum Parafii Ewangelicko-Augsburskiej w Krakowie