Kościół zbudowany został na fundamentach zamku książęcego. Prace rozpoczęto w roku 1744. Jako budulec wykorzystano gruz, elementy baszty i muru. 27 sierpnia 1747 roku odbyło się uroczyste otwarcie kościoła ewangelickiego. Kościół funkcjonował do końca II wojny światowej (1945 rok). Po wojnie, po wysiedleniu z terenu Szprotawy większości ewangelików, kościół został opuszczony i zaczął popadać w ruinę. Planowano urządzenie w nim sali gimnastycznej, ale stan budynku się stale pogarszał i niedługo runął nieremontowany dach.

W latach 70. wnętrze było już porośnięte drzewami. W 2002 roku zadania odbudowy budynku podjęła się parafia polskokatolicka.