Ewangelicy przybyli do Babimostu w połowie XVII wieku ze Śląska na zaproszenie starosty babimojskiego Krzysztofa Żegockiego. Byli tam prześladowani przez Habsburgów w okresie okrutnej wojny trzydziestoletniej (1618 – 1648) i dopiero w miastach wielkopolskich, m. in. w Babimoście znaleźli schronienie i normalne warunki do egzystencji.

Starosta działając w imieniu króla Jana Kazimierza Wazy zapewnił im swobody narodowe i religijne, udzielił zezwolenia na budowę domu modlitwy oraz wyznaczył tereny pod osadnictwo. Po przybyciu do Babimostu osadnicy niemieccy wybudowali nową dzielnicę – tzw. Nowe Miasto i świątynię przy nowej ulicy prowadzącej do Kargowej. Zniszczył ją całkowicie wielki pożar w 1781 r., w wyniku którego spaliła się również znaczna część miasta.

W latach 1782 – 1789 świątynię odbudowano i służyła wiernym wyznania ewangelickiego.

W 1945 r. wysiedlono ludność niemiecką, w tym większość ewangelików i od tego czasu kościół jest nieczynny.