Kościół został zbudowany w latach 1827-1830 w stylu późnoklasycystycznym. Uroczyste poświęcenie kościoła nastąpiło w Niedzielę Palmową 4 kwietnia 1839 roku.
W 1809 r. utworzono w Brodnicy superintendenturę (odpowiednik dekanatu w Kościele rzymskokatolickim) dla okręgu Golub-Lidzbark-Lubawa-Książki-Brodnica. Superintendentem został proboszcz brodnicki ks. G. B. Powalski. Zgodnie z zarządzeniem króla pruskiego Fryderyka Wilhelma II z 31 października 1817 r. nastąpiła unia wszystkich parafii luterańskich i reformowanych. W Brodnicy unię wprowadzono w życie w 1818 r. W 1821 r. do wyłącznie miejskiej dotąd parafii dołączono okoliczne wsie: Brudzawy, Bobrowo, Kawki, Sumowo, Zbiczno, Pokrzydowo, Grążawy, Szczukę, Mszano. Dotychczasowy dom modlitwy okazał się wówczas za mały, a ponadto jego zły stan groził niebezpieczeństwem. Został więc w 1821 r. zamknięty, a nabożeństwa odbywały się w nowej szkole ewangelickiej. Władze pruskie zaproponowały ks. Powalskiemu przejęcie katolickiego kościoła i klasztoru Reformatów na Piaskach. Jednak ostry sprzeciw katolików i ich władz kościelnych doprowadził do zaniechania tego projektu. Majątek, jaki przejęła parafia ewangelicka po samotnym wyznawcy nazwiskiem Path-Park(?), inne darowizny i dotacja króla pruskiego, umożliwiły rozpoczęcie budowy nowego kościoła.
20 maja 1827 r. położono kamień węgielny. Przy budowie w latach 1827-1830 pomagali nie tylko ziemianie wyznania ewangelickiego, ale i katolickiego, dostarczając drewna ze swych lasów oraz cegieł z własnych cegielni. Najhojniejszy był jednak Ernst Kruger, właściciel dóbr rycerskich w Karbowie, który ofiarował 40 tysięcy cegieł. (W 1833 r. wdowa po nim sfinansowała budowę kostnicy z mieszkaniem dla grabarza). Koszty ambony pokryli urzędnicy sądowi, a ołtarza – urzędnicy administracji.
Mimo to budowa zboru nie szła zbyt pomyślnie. W momencie, gdy stanęły fundamenty, władze rejencyjne zażądały przedstawienia planu budowy i wykazu źródeł środków na tę inwestycję. Widocznie sprawa była niejasna, bo zarządzono przerwanie prac, a ponieważ budowniczowie nie zastosowali się do tego, plac otoczyli żandarmi. Prace kontynuowano jednak nocami. Po kontroli budowę wznowiono, ale wkrótce środki się wyczerpały. Świątynia mogła zostać ukończona dzięki dotacji króla Fryderyka Wilhelma III w wysokości 4500 talarów. Król podarował także dwa dzwony.
Dla podkreślenia unii dwóch ewangelickich wyznań umieszczono przy portalu z jednej strony statuę M. Lutra, z drugiej – J .Kalwina. W trakcie uroczystego poświęcenia kościoła 4 kwietnia 1830 r. przemawiali także polscy goście. W nowej parafii proboszczem został ks. Karl Gottfried Samuel Thiel, który swój urząd piastował do 1866 r. Był także w latach 1857-1859 superintendentem i tak jak ks. Powalski inspektorem szkoły ewangelickiej, chociaż ta druga funkcja podlegała Prowincjonalnemu Kolegium Szkolnemu w Gdańsku. W 1893 r., już za ks. Roberta Hermanna Kuny, parafia zyskała nowe organy, a w 1896 r. ogrzewanie piecowe. Za ks. Karola Teodora Drossa w 1912 r. nastąpiła przebudowa kościoła finansowana przez władze rejencji w Kwidzynie i Najwyższą Radę Kościelną (Oberkirchenrat). Odnowiono dach nad wieżą, zainstalowano centralne ogrzewanie, zakupiono 3 dzwony z brązu i umieszczono nowy obraz na ołtarzu, namalowany przez Hermanna Frobeniusa z Monachium. Od 1868 r. parafia ewangelicka prowadziła przytułek dla sierot na ulicy Mazurskiej, a od 1905 r. Dom Starców (Altersheim) przy ul. św. Jakuba.
W tych czasach wzajemne stosunki księży ewangelickich i katolickich były poprawne, by nie rzec przyjazne. Zarówno ks. Powalski, proboszcz ewangelicki w latach 1797-1829, jak i ks. T.Gutowski, proboszcz św. Katarzyny w latach 1817-1831, a później ks. Thiel, proboszcz ewangelicki w latach 1829-1866, i ks.Mateusz Osmański, proboszcz w latach 1831-1857, dziekan i kanonik honorowy, żyli w bliskich stosunkach i należeli do wpływowych osobistości mających autorytet wśród ludności obydwu konfesji. Katolicki biskup chełmiński Anastazy Sedlag, który we wrześniu 1834 r. wizytował parafię św. Katarzyny, przyjął także ks. Thiela, nazywając go w obecności wielu katolickich duchownych bratem. Sedlag zwiedził też szkołę ewangelicką i niedawno (w 1830 r.) wybudowany kościół. Katoliccy duchowni odwiedzali w czasie kolędy również ewangelików, przyjmowani przez katolicką część domowników (prawdopodobnie służbę) i po niej byli gościnnie podejmowani przez właścicieli tych domów. Podczas procesji w dzień Bożego Ciała, odbywającej się na Rynku, ołtarze urządzano też w podcieniach domów należących do ewangelików. Różnice zaczęły się pojawiać w trakcie wydarzeń tak zwanej Wiosny Ludów, to jest w latach 1848-1849. Okazało się wówczas, że Niemcy-ewangelicy niezbyt przychylnie patrzyli na wolnościowe aspiracje Polaków – w większości katolików. Powodem były więc sprawy narodowościowe (o tym w części dotyczącej problemów narodowo-politycznych). Rozdział między ewangelikami i katolikami wystąpił wyraźniej w początkach lat siedemdziesiątych, kiedy to ówczesny premier pruski i pierwszy kanclerz zjednoczonych Niemiec Otto von Bismarck postanowił podporządkować ustawowo władze Kościoła katolickiego władzom państwowym. Nazwano to walką o kulturę (Kulturkampf).
W latach trzydziestych XX w. w powiecie brodnickim było 7 parafii ewangelicko-unijnych. W Brodnicy mieścił się okręg Kościoła ewangelicko-unijnego (Kirchenkreis), obejmujący powiaty brodnicki i działdowski. Podlegał on Konsystorzowi Generalnemu w Poznaniu. Duchowni ewangeliccy – ks. Karol Teodor Dross, od 1930 r. ks. Erich Birkholz – i ich żony pełnili także funkcje oświatowo-organizacyjne wśród ludności niemieckiej. Zakładali i prowadzili organizacje wyznaniowe, urządzali i utrzymywali przytułki, konwikty. Kościół ewangelicki korzystał w pełni z praw politycznych i cywilnych.
Dnia 1 września 1939 r. wojska Trzeciej Rzeszy zaatakowały państwo polskie i w wyniku kilkutygodniowych walk zajęły znaczną część terytorium II Rzeczypospolitej. Miasto Brodnica zajęte zostało przez Wehrmacht dnia 7 września. Okupacja niemiecka Brodnicy trwała do 22 stycznia 1945 r., czyli 1965 dni. Do 25 X 1939 r. na ziemiach polskich zajętych przez Niemcy najwyższą władzę sprawował Wehrmacht. Pod nadzorem władz wojskowych tworzono niemiecką administrację cywilną składającą się z urzędników delegowanych z Rzeszy i Wolnego Miasta Gdańska.
Do 1945 r. budynek kościelny przy rynku pełnił funkcję kościoła parafialnego dla brodnickich ewangelików. Świątynia służyła ewangelikom ponad sto lat. Ostatnie nabożeństwo odprawił superintendent brodnicki ksiądz Erich Birkholz. W 1945 roku zniszczone zostały organy, uszkodzony został obraz przedstawiający Zmartwychwstanie Pańskie, a kościół przejęty został na potrzeby kościoła rzymskokatolickiego. W 1947 roku konsekrowany przez ordynariusza diecezji chełmińskiej księdza Biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego, wówczas otrzymał wezwanie Matki Boskiej Królowej Polski. Od tego czasu pełni funkcję kościoła szkolnego – jako filialny Parafii Rzymskokatolickiej pw. św. Katarzyny.
Kościół jest położony na terenie zespołu staromiejskiego, w głębi zachodniej pierzei Dużego Rynku, przy ulicy Kościelnej w Brodnicy. Nieorientowany, wzniesiony na planie prostokąta, bez wydzielonego zewnętrznie prezbiterium, z wieżą na planie kwadratu wtopioną w korpus nawowy od strony wschodniej. Po bokach prezbiterium znajdują się prostokątne aneksy.
Wejście główne od wschodu, wejścia do aneksów, od strony zachodniej. Korpus nawowy i prezbiterium z piętrowymi aneksami, przykryte wspólnym, dwuspadowym dachem. Niska wieża, w górnej partii przechodzącą w ośmiobok jest zwieńczona iglicą. Kościół jest wzniesiony z cegły, na wysokim cokole z głazów granitowych. Nawa i prezbiterium przykryte są stropem płaskim. Elewacje boniowane z gzymsem kordonowym powyżej którego zamknięte półkoliście otwory okienne. Elewacja frontowa-wschodnia jest trójosiowa, pośrodku z trójkondygnacyjną wieżą lekko wysuniętą z lica elewacji mieszczącą w przyziemiu portal zamknięty półkoliście, po bokach nisze w których wcześniej znajdowały się posągi Marcina Lutra i Jana Kalwina. W wyższej kondygnacji wieży znajduje się wysoki, zamknięty półkoliście otwór okienny, zaś trzecia kondygnacja mieszcząca dzwony, z półkolistymi arkadami, zwieńczona jest iglicą zakończoną krzyżem. Elewacja zachodnia jest 3-strefowa, podzielona gzymsami na partię dolną z portalami wejściowymi, partię środkową z centralnym okulusem oraz trójkątny szczyt z okulusem.
Wnętrze kościoła z wąskim prezbiterium z dwiema przybudówkami po bokach, z emporami oraz chórem muzycznym wspartym na kolumnach toskańskich. Stropy są płaskie. Z wyposażenia zachowana jest pierwotna stolarka drzwiowa z okuciami, schody, ławki dla wiernych, wsporniki kandelabrów po bokach portalu wejściowego, wyposażenie zakrystii, na wieży dwa żeliwne dzwony, ofiarowane przez króla Fryderyka Wilhelma III (zawieszone w 1834 r.). W 1833 roku za ołtarzem na ścianie znajdował się obraz przedstawiający Zmartwychwstanie Pańskie (Gillern z Poznania). Podczas kapitalnego remontu w latach 1912-1913 ufundowano nowy obraz ołtarzowy pędzla Hermanna Frobeniusa z Monachium przedstawiający także Zmartwychwstanie (zdemontowano go po 1945 roku).
Źródło:
red. Jerzy Dygdała, Brodnica : siedem wieków miasta, Brodnica 1998.
https://zabytek.pl/pl/obiekty/brodnica-kosciol-ewangelicki-ob-filialny-pw-matki-bozej-krolo
https://pl.wikipedia.org/wiki/Ko%C5%9Bci%C3%B3%C5%82_Matki_Bo%C5%BCej_Kr%C3%B3lowej_Polski_w_Brodnicy