Kościół zbudowany w latach 1899-1900 przez ewangelików. Jego projektantem był radca budowlany z Kłodzka Kruttge, a budowniczym prowadzącym budowę Franz Lux z Długopola Górnego.

Kościół został zbudowany w stylu łączącym elementy stylu neoromańskiego i neogotyckiego. Rozwiązanie bryły prezbiterium charakterystyczne jest dla środkowoeuropejskiej architektury gotyckiej. Kształty okien nawy z dużymi rozetami i podwójnymi oknami zostały wyprowadzone z francuskiego gotyku katedralnego pochodzącego z końca XII wieku. Gdy kształtowana była fasada, został przetworzony charakterystyczny dla niemieckiego romanizmu „westwerk” oraz nawiązano do form romańskich triforiów i hełmów romańskich, niemieckich świątyń. Zamknięte wielobocznie, wyodrębnione prezbiterium świątyni posiada osobny dach. Jednonawowy korpus nawowy posiada duże ostrołukowe okna ze stolarką nawiązującą do wczesnogotyckich maswerków i nakryty jest dachem dwuspadowym. Czworoboczna, smukła wieża w fasadzie mieszcząca w przyziemiu główny portal jest przepruta w górnej kondygnacji pseudotriforiami i zwieńczona hełmem składającym się ze środkowej ośmiobocznej iglicy i z czterech małych, narożnikowych, ostrosłupowych iglic. Przy prezbiterium jest umieszczona zakrystia, a przy wieży znajduje się półowalny aneks (mieszczący schody na chór) nakryty wysokim dachem z zaokrągloną połacią. Elewacje świątyni są oblicowane kamieniem.

Kościół poświęcony został 18 listopada 1900 r. W latach 1891-1902 roku kościołem opiekował się wikariusz z Bystrzycy Kłodzkiej. W dniu 31 marca 1902 r. została utworzona samodzielna parafia ewangelicka w Międzylesiu.

W latach 1945-2005 budowla nie pełniła funkcji religijnych. Mieściły się w niej magazyny, hala sportowa, sklep meblowy. kościół ulegał coraz większej dewastacji m.in. przeciekał dach, zostało zniszczone prezbiterium.

W dniu 20 maja 2005 roku proboszcz parafii pod wezwaniem Bożego Ciała w Międzylesiu ksiądz Jan Tracz zwrócił się z pisemną prośbą o przekazanie parafii świątyni. W dniu 22 września 2005 roku aktem notarialnym burmistrz Międzylesia Tomasz Korczak przekazał na ręce proboszcza księdza Jana Tracza świątynię parafii Bożego Ciała w Międzylesiu, kościół został sprzedany za symboliczną „złotówkę”. 22 października 2011 r. świątynia otrzymała wezwanie Jana Pawła II.

źródło: Wikipedia