Wspólnota czeskobraterska istniała w Wilkowicach w drugiej połowie XVI w., gdy „stolicą” braci czeskich był Ostroróg, będący równocześnie siedzibą seniora. Właścicielem tych dóbr był wówczas Andrzej Leszczyński (1559-1606), który przyjął wyznanie czeskobraterskie i przekazał kościół współwyznawcom.
Po śmierci Andrzeja Leszczyńskiego kościół został przekazany na powrót katolikom przez rzymskokatolickich spadkobierców.
Dzisiaj kościół jest siedzibą parafii rzymskokatolickiej św. Marcina.