Syn duchownego luterańskiego Alfreda Jaguckiego i Agnieszki z d. Rynkiewicz. Studiował teologię ewangelicką na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej. Studia ukończył w 1970 r. 22 listopada 1970 r. został ordynowany na duchownego przez biskupa Andrzeja Wantułę. Następnie został wikariuszem parafii w Giżycku, następnie jej administratorem (1973-1976). Od maja 1976 roku proboszcz parafii w Giżycku. Sprawował funkcję administratora parafii w Ełku, Suwałkach (1975-1985) i Rynie (1976-86). Koordynował współpracę z zakonem joannitów w diecezji mazurskiej; członek Synodu Kościoła.
4 listopada 2000 roku Synod Kościoła wybrał księdza Janusza Jaguckiego na zwierzchnika Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP. 6 stycznia 2001 r. w Warszawie został konsekrowany na biskupa Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Polsce.
2 marca 2007 r. powołano Komisję Historyczną Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP, której celem jest zbadanie zasobów archiwalnych Instytutu Pamięci Narodowej oraz archiwów wewnątrzkościelnych, dotyczących inwigilacji Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego przez organa bezpieczeństwa państwa w okresie od 22 lipca 1944 r. do 31 lipca 1990 r. Ks. bp Janusz Jagucki z urzędu był przewodniczącym kolegium tej Komisji do czasu, gdy okazało się, że w archiwach IPN znajdują się dokumenty na jego temat. Zastąpił go biskup Mieczysław Cieślar.
26 września 2008 r. „Rzeczpospolita” ujawniła, że od 1973 do 1990 był zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa o ps. „Janusz”. Jego teczka w IPN o sygnaturze 456/0013/1-3 liczy ponad tysiąc stron. Oprócz informacji spisywanych przez oficerów SB w teczce są podpisane przez ks. Jaguckiego pokwitowania przyjęcia pieniędzy oraz sporządzone własnoręcznie relacje z podróży zagranicznych.
17 kwietnia 2009 r. podczas wiosennej sesji Synodu Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP, ks. biskup Mieczysław Cieślar poinformował, że według ustaleń Komisji Historycznej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w Rzeczypospolitej Polskiej: „Nie ma żadnych wątpliwości co do tajnej i świadomej współpracy bp. Jaguckiego. Uzasadnienie zostanie przedstawione członkom Synodu Kościoła, a do nich będzie należała ocena tego faktu„. W trakcie drugiego dnia Synodu 18 kwietnia 2009 roku ks. biskup Janusz Jagucki złożył wniosek o wotum zaufania. Za udzieleniem wotum zaufania opowiedziało się 26 członków synodu, przeciw 31, wstrzymało się 7. W związku z zaistniałą sytuacją Synod postanowił skrócić kadencję bp Jaguckiego do momentu wyboru nowego biskupa i wprowadzenia go w urząd, czyli do stycznia 2010 r. Głosowanie nad wotum zaufania dla ks. bp Jaguckiego, było pierwszym tego rodzaju głosowaniem w historii polskiego Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Ponadto Synod Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w tej samej uchwale postanowił o rozpoczęciu procedury wyborczej nowego zwierzchnika Kościoła, tak aby jego wybory odbyły się podczas jesiennej sesji Synodu Kościoła która odbyła się w dniach 16-18 października 2009 r. w Warszawie.
Z dniem 6 stycznia 2010 bp Jagucki przeszedł w stan spoczynku.
źródło: Wikipedia, Luteranie.pl