Pochodził z rodziny mazurskiej. Urodził się 23 czerwca 1909 r. w Reglach w powiecie ełckim. Od 1923 r. przebywał stale w kraju. Związał się z polskim skrawkiem Mazur – Działdowszczyzną. Dzięki pomocy i opiece Zrzeszenia Ewangelików-Polaków, mazurski chłopiec mógł zdobyć wykształcenie, pozwalające w przyszłości na pracę wśród Mazurów i dla Mazurów. W Warszawie ukończył Gimnazjum im. Mikołaja Reja. Potem poszedł na studia na Wydział Teologii Ewangelickiej Uniwersytetu Warszawskiego, które ukończył jako kandydat teologii w 1936 r. Choć sam podpisywał się: Sczech, jego nazwisko podawano też w formie: Szczech. Tuż przed wojną był wikariuszem w parafii Kościoła ewangelicko-unijnego w Poznaniu.
W 1945 r., w ślad za innymi działaczami mazurskimi, przybył wiosną do Olsztyna; mieszkał od maja 1945 r. w plebanii na Starym Mieście. Zajmował się organizowaniem świeckiej Rady Kościoła Ewangelickiego, utworzonej 13 lipca 1945 r., do której weszli m.in: Bogumił Labusz, Gustaw Leyding, Fryderyk Leyk, Hieronim Skurpski, Bogdan Wilamowski. 28 lipca pełnomocnik rządu na Okręg Mazurski, w piśmie do Ministerstwa Administracji Publicznej powiadomił, iż udzielił tej Radzie poparcia. Pracował tu jako referent do spraw wyznaniowych w wydziale społeczno-politycznym Urzędu Wojewódzkiego. Przewodniczył uznawanej przez władze Radzie Kościoła Ewangelickiego. Jak się przedstawiał w liście, który przed Bożym Narodzeniem 1945 r. skierował z Olsztyna do seniorów śląskich: „Jestem kandydatem teologii ewangelickiej od stycznia 1936 r. – na dzień 6.I. 46 wyznaczona jest przez biskupa Szerudę moja ordynacja w Warszawie.”
Po ordynacji w Kościele ewangelicko-augsburskim władze kościelne skierowały ks. Jana Sczecha do Ządzborka-Mrągowa. Organizował tu życie kościelne, mając do obsługi siedem parafii i dwie stacje kaznodziejskie. W sprawozdaniu naczelnika wydziału w Urzędzie do Spraw Wyznań z 10 XI 1951 r. Z podróży służbowej do Olsztyna, znalazła się taka charakterystyka jego sylwetki: „Ks. Jan Sczech, prob. w Mrągowie apolityczny i społecznie bierny, utrzymuje bliskie stosunki z ludnością niezweryfikowaną.”
W Mrągowie powstała w 1951 r. placówka metodystyczna, poszerzająca swoje pole działania. Zaczęły się spory między ewangelikami a metodystami w Mrągowie, trwające parę lat. W ramach „Akcji Mazurskiej”, organizowanej przez biskupa-adiunkta Zygmunta Michelisa i wspieranej przez Urząd do Spraw Wyznań, zaczęło się usuwanie metodystów z regionu. Ówczesne władze, wobec których ks. Sczech był krytyczny, naciskały na Naczelną Radę Kościoła, aby usunąć ks. Sczecha z Mrągowa i przenieść na inny teren.
Najpierw myślano o parafii w Pasymiu, z której chciano usunąć ks. Ottona Wittenberga i przenieść do Gliwic. W lipcu 1953 r. NRK podjęła nawet stosowną uchwałę, ale w październiku tego roku „postanowiono uchwałę w sprawie translokacji ks. Sczecha anulować”. Rok później „Prezydium Naczelnej Rady Kościoła postanowiło uchwałą z dn. 18.2.1954 przyjąć byłą parafię metodystyczną w Mrągowie w ramy Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego i na okres przejściowy udzielić jej praw II parafii ewangelicko-augsburskiej w Mrągowie”.
W kwietniu 1954 roku ks. Sczech opuścił Mrągowo, otrzymując mianowanie na administratora parafii ewangelicko-augsburskiej w Giżycku oraz zborów w Sterławkach i Miłkach wraz ze stacjami kaznodziejskimi w powiecie węgorzewskim. W Giżycku sprawował swój urząd do 1962 r.
Latem tego roku administratorem giżyckiej parafii został ks. Jan Szarek, pracujący wcześniej w Nawiadach. Ks. Jan Sczech w dalszym życiu kościelnym na Mazurach nie był obecny. Wyjechał za granicę. Zmarł przed paru laty w Niemczech, w sędziwym wieku.
Źródło: KARTKI MAZURSKIE 2007 LIPIEC Nr 7 (49) Rok VIII Biuletyn Mazurskiego Towarzystwa Ewangelickiego w Olsztynie